Γεννήθηκε στον Χάνδακα της Κρήτης στις 13 Νοεμβρίου του 1572. Δάσκαλός του υπήρξε ο ιερομόναχος Μελέτιος ο Βλαστός. Με το πέρας της εγκύκλιας εκπαίδευσης του ο άγιος μετέβη στη Βενετία, το 1584 για να λάβει ευρύτερη μόρφωση. Εκεί συνάντησε τον Επίσκοπο Κυθήρων Μάξιμο τον Μαργούνιο, ο οποίος τον έθεσε υπό την προστασία του. Το 1588 ο άγιος επιστρέφει στην Κρήτη λόγω οικονομικών προβλημάτων της οικογενείας του, αλλά μετά από ένα χρόνο επέστρεψε στην Ιταλία και γράφτηκε στο περίφημο Παταβινό Πανεπιστήμιο, όπου διδάχθηκε Φιλοσοφία και Θεολογία. Τελειώνοντας τις σπουδές επέστρεψε στην Κρήτη, το 1592 και κήρεται μοναχός στη Μονή της Αγκαράθου. Εκεί παραμένει για έναν μόνο χρόνο, καθώς τον κάλεσε στην Αίγυπτο ο συγγενής του άγιος Μελέτιος ο Πηγάς, που ήταν τότε Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο οποίος τον χειροτόνησε διάκονο και πρεσβύτερο και τον ονόμασε Πρωτοσύγκελλό του. Το 1593 ο άγιος Μελέτιος στέλνει τον άγιο στην Πολωνία για να στηρίξει τους Ορθοδόξους ενάντια στις επιθέσεις της Ουνίας. Εργάζεται με ζήλο για τρία χρόνια, κινδυνεύοντας μάλιστα να συλληφθεί και να θανατωθεί κατά τον διωγμό που εξαπέλυσε ο βασιλιάς Σιγισμούνδος εναντίον των Ορθοδόξων. Το 1559 απεστάλη πάλι από τον Μελέτιο Πηγά, ο οποίος ήταν τότε Επιτηρητής του Οικουμενικού Θρόνου, στην Πολωνία για εκκλησιαστική υπηρεσία. Παράλληλα, είχε εντολή να περάσει από την Κρήτη και τη Χίο για να αντιμετωπίσει την προπαγάνδα των Ιησουϊτών. Από την Πολωνία ταξίδεψε το 1601 στις Παραδουνάβιες χώρες για να στηρίξει και εκεί την Ορθοδοξία. Ενώ βρισκόταν στο Ιάσιο όμως, ο άγιος έλαβε επιστολή του αγίου Μελετίου που τον καλούσε να επανέλθει στην Αλεξάνδρεια για να του αφήσει τις τελευταίες υποθήκες και να του παραδώσει τον Θρόνο. Μετά την κοίμηση του αγίου Μελετίου τον Σεπτέμβριο του 1601 ο άγιος Κύριλλος εξελέγη Πατριάρχης Αλεξανδρείας σε ηλικία 29 ετών. Στις αρχές του 1605 ο άγιος Κύριλλος βρίσκεται στην Κύπρο, ύστερα από πρόσκληση των Χριστιανών της μεγαλονήσου, για να βοηθήσει την τοπική Εκκλησία που σπαρασσόταν από εσωτερικές έριδες. Τον Φεβρουάριο του 1612 και ενώ βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη, εξελέγη Επιτηρητής του Οικουμενικού Θρόνου, αλλά παραιτήθηκε επειδή κάποιοι Αρχιερείς οργανώθηκαν εναντίον του, προκαλώντας μεγάλη σύγχυση στην Εκκλησία. Αναχώρησε για το Άγιον Όρος και από εκεί για τη Βλαχία, όπου παρέμεινε τέσσερα χρόνια αγωνιζόμενος κατά της Ουνίας. Μετά τον θάνατο του Πατριάρχου Τιμοθέου του Β' η Σύνοδος του Πατριαρχείου της Κωνσταντινοπόλεως τον εξέλεξε Οικουμενικό Πατριάρχη, στις 4 Νοεμβρίου του 1620. Δυόμιση χρόνια αργότερα ωστόσο, ο άγιος απομακρύνθηκε από τον Θρόνο με την κατηγορία ότι προετοίμαζε επανάσταση των ελληνικών νησιών. Σιδηροδέσμιος οδηγείται στην Ρόδο και ο νέος Πατριάρχης Άνθιμος έστειλε εκεί Αρχιερείς με σκοπό να τον πείσουν να υποβάλει κανονική παραίτηση. Ο άγιος απέρριψε την πρόταση και με διαταγή του Μεγάλου Βεζύρη επιστρέφει στην Κωνσταντινούπολη τον Σεπτέμβριο του 1623, όπου έγινε θριαμβευτικά δεκτός από τους Χριστιανούς. Ο Πατριάρχης Άνθιμος αναγκάστηκε να παραιτηθεί και στον Θρόνο επανήλθε ο άγιος Κύριλλος. Οι πολέμιοι του αγίου όμως βρήκαν πειθήνιο όργανό τους τον Επίσκοπο Βεροίας Κύριλλο Κονταρή, ο οποίος εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη και άρχισε να συκοφαντεί τον άγιο διαδίδοντας στους κυβερνητικούς κύκλους ότι βρισκόταν σε μυστική επικοινωνία με τους εχθρούς της Υψηλής Πύλης και ότι συνωμοτούσε εναντίον της. Οι συκοφαντίες έγιναν αποδεκτές και ο άγιος απομακρύνθηκε αλλά, λόγω της γενικής αγανακτήσεως, μετά από επτά ημέρες επανήλθε στον Θρόνο. Οι πολέμιοι του αγίου δεν έπαυσαν ούτε στιγμή να εργάζονται για την απομάκρυνσή του. Καταβάλλοντας μεγάλα. Όμως ούτε αυτή η απομάκρυνση είχε μεγάλη διάρκεια γιατί μετά ένα μήνα απομακρύνθηκε ο αντικαταστάτης και ο άγιος Κύριλλος επανήλθε θριαμβευτικά στον Θρόνο. Πάλι όμως, τον Μάρτιο του 1635, οι Ιησουΐτες κινήθηκαν εναντίον του και δίνοντας άφθονα χρήματα κατόρθωσαν να επιτύχουν την απομάκρυνσή του. Αυτή τη φορά, με την συνέργεια του Αυστριακού Πρέσβη αποφασίστηκε να ακολουθήσουν τις αποφάσεις του Συμβουλίου της ρωμαϊκής Προπαγάνδας για τον Πατριάρχη και να ναυλωθεί πλοίο με έμπιστο πλήρωμα στο οποίο θα επιβιβαζόταν για να μεταφερθεί δήθεν εξόριστος στη Ρόδο. Ο πλοίαρχος είχε εντολή να προσεγγίσει το πρώτο πειρατικό πλοίο που θα συναντούσε, στο οποίο θα παρέδιδε τον άγιο Κύριλλο για να μεταφερθεί στη Μάλτα. Στην Κωνσταντινούπολη θα κυκλοφορούσε η φήμη ότι Μελιταίοι αιχμαλώτισαν το πλοίο στο οποίο επέβαινε ο Πατριάρχης και ότι τον μετέφεραν στο νησί τους. Ύστερα από πολλές διαπραγματεύσεις και αναβολές βρέθηκε το πλοίο και το πλήρωμα και δόθηκαν τα έγγραφα της αυστριακής Πρεσβείας στον Μητροπολίτη, ο οποίος θα συνόδευε τον αιχμάλωτο Πατριάρχη, αλλά η ολλανδική Πρεσβεία κατόρθωσε με κατάσκοπο να μάθει τα τεκταινόμενα. Το πλήρωμα εξαγοράστηκε και οδήγησε το πλοίο στη Χίο, όπου βρισκόταν ο διοικητής της Ρόδου και φίλος του αγίου Μπεκήρ Πασάς, ο οποίος τον πήρε υπό την προστασία του στη Ρόδο, όπου παρέμεινε μέχρι τα μέσα του 1636 οπότε και επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη. Επανήλθε στον Θρόνο τον Μάρτιο του 1637. Αν και ο άγιος βρισκόταν σε προχωρημένη ηλικία, εξακολουθούσε να αγωνίζεται υπέρ της Ορθοδοξίας. Έτσι οι Ιησουΐτες πείστηκαν ότι ήταν ακατάβλητος και γι̉ αυτό αποφασίστηκε να επιδιωχθεί με κάθε μέσο ο θάνατός του. Νέες ενέργειες των εχθρών του απέδωσαν το αποτέλεσμα που προσδοκούσαν. Τον Ιούνιο του 1638 ο Αυστριακός Πρέσβης που βρισκόταν σε διαρκή συνεννόηση με την Προπαγάνδα κατόρθωσε να απομακρύνει τον άγιο Κύριλλο από τον Θρόνο προβάλλοντας την κατηγορία στις τουρκικές αρχές ότι προετοιμάζει επίθεση των Ρώσων κατά της Κωνστινουπόλεως και επανάσταση των Ελλήνων. Ο Σουλτάνος Μουράτ που βρισκόταν σε εκστρατεία κατά της Βαγδάτης πίστεψε τις κατηγορίες και με την εισήγηση του Μεγάλου Βεζύρη Μπαϊράμ πασά διέταξε να τον θανατώσουν. Ο άγιος συνελήφθη από απόσπασμα τσαούσηδων στις 22 Ιουνίου και φυλακίστηκε στο φρούριο Ρούμελη Χισσάρ, όπου στις 27 Ιουνίου του 1638 έφτασαν 15 Γενίτσαροι και άλλοι ανώτεροι κρατικοί υπάλληλοι. Τον παρέλαβαν και, επιβιβάζοντάς τον σε ένα πλοιάριο, τον μετέφεραν στην παραλία του Αγίου Στεφάνου, όπου τον θανάτωσαν με στραγγαλισμό. Το σώμα του τάφηκε πρόχειρα στην άμμο του αιγιαλού αλλά μετά τρεις μέρες άνθρωποι του Κονταρή το ξέθαψαν και το πέταξαν στη θάλασσα για να μη βρεθεί από τους Χριστιανούς. Βρέθηκε όμως από κάποιους αλιείς, μεταφέρθηκε κρυφά και ενταφιάστηκε στη Μονή του Αγίου Ανδρέα, στην ομώνυμη νησίδα του κόλπου της Νικομήδειας.